日本動物学会賞 受賞 (1964年10月14日) / 社団法人日本動物学会

学術上、有益で動物学の進歩発展に重要な貢献をなす業績を挙げられた研究者（個人またはグル−プ）に贈られる賞。

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京都府文化財保護審議会委員 表彰 (1984年11月02日) / 京都府教育委員会

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勲三等旭日中綬章 (1986年04月29日) / 日本国政府

旭日章は、「国家又ハ公共ニ対シ勲績アル者」に授与すると定められ（勲章制定ノ件2条1項）、「社会の様々な分野における功績の内容に着目し、顕著な功績を挙げた者を表彰する場合に授与する」 という規定から科学技術の振興に寄与した者として授与された。
日本国天皇に名により内閣総理大臣の中曽根康弘から、当時文部大臣であって後に内閣総理大臣に就任する海部俊樹から授与された。

京都府文化財保護審議会委員 感謝状 (1992年06月02日) / 京都府教育委員会

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Distinguished Statistical Ecologist Award (1994年08月22日) / 国際生態学会

著名な統計的エコロジスト賞

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正四位 (1997年02月25日) / 日本国政府

正四位(せいしい)とは日本の位階及び神階における位のひとつある。
内閣総理大臣　橋本龍太郎奉として叙された。

感謝状 (1999年12月08日) / 北九州市

アリの標本の寄贈と寄付に対する感謝状。[森下正明の没後、配偶者の森下平(もりしたとし）への感謝状]

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